En 1882, l’empire russe décide de renforcer son système défensif frontalier et entreprend la construction d’un fort de première classe à Kaunas, dans l’actuel Lituanie. La réalisation du neuvième fort débutera en 1903 et durera 10 ans.
En 1914, lorsque la Première Guerre mondiale commença, celui ci ne subira aucun dommage, mais à la fin de l’été 1915, lorsque les troupes russes se retirèrent, le fort et toute la forteresse furent occupés par l’armée allemande.
En 1918, lorsque l’État lituanien fut établi, le fort servit de prison pour criminels et prisonniers politiques qui étaient rassemblés avant d’être expédiés au Goulag.
Durant la seconde guerre, repris par les nazis, le lieu servit à l’exécution de masse de Juifs.
Dans les années 60, le gouvernement décide de transformer le lieu en musée de l’histoire de la révolution puis d’en faire un mémorial contre l’holocauste.
Le projet finale d’Alfonsas Vincentas Ambraziūnas, Gediminas Baravykas et Vytautas Vielius nécessitera treize ans de construction. Un monument de 32 mètres composé de trois groupes de sculptures sera construit à la place du meurtre de masse pour commémorer les victimes nazies.
Il est devenu l’un des plus grands lieux de mémoire de toute l’Europe.
